6 października 1999 r. jedynym akcjonariuszem banku został Bank BPH. W tym samym roku  HYPO-BANK POLSKA uzyskał zezwolenie na przekształcenie dotychczasowego banku uniwersalnego w specjalistyczny bank hipoteczny pod nazwą HypoVereinsbank Bank Hipoteczny.

W 2004r. nastąpiła zmiana nazwy banku na BPH Bank Hipoteczny.
12 czerwca 2005 roku Rada Nadzorcza Grupy UniCredit oraz Zarząd i Rada Nadzorcza Banku HVB podjęły decyzję o połączeniu obydwu instytucji. W wyniku zawartego porozumienia powstała ósma co do wielkości grupa bankowa w Europie działająca w 20 krajach Starego Kontynentu. Konsekwencją tych wydarzeń było rozpoczęcie procesu integracji wchodzących w skład Grupy UniCredit Banku Pekao SA oraz Banku BPH SA i spółek należących do obu banków.

Z dniem  30 listopada 207 roku powstał prawdziwy lider rynku finansowego w naszej części Europy, Bank Pekao SA, który połączył najlepsze praktyki obu instytucji z siłą i doświadczeniem Grupy UniCredit. W skład grupy Pekao SA wszedł również bank hipoteczny.

W dniu 31 lipca 2008 roku Sąd Gospodarczy w Warszawie dokonał wpisu do Krajowego Rejestru Sądowego nowej nazwy banku – Pekao Bank Hipoteczny S.A.